Projekt realizowny jest w kilku fazach. Już w fazie projektu wstępnego autorzy starali się przekonać parlament, że kiedy ta nowa szybka linia kolejowa zostanie zbudowana, nie tylko parametry techniczno-ruchowe zostaną osiągnięte, ale również zostanie zapewniony właściwy poziomu bezpieczeństwa przewozów zarówno w stosunku do pasażerów jak i przyległego do linii środowiska. Istniejące w Wielkiej Brytanii wskażniki bezpieczeństwa w odniesieniu do wszelkich przemysłów niosących różne zagrożenia dla użytkowników i środowiska są szczególnie wymagające w odniesieniu do transportu kolejowego. Ich poziom jest kontrolowany w oparciu o system rejestracji zdarzeń prowadzących do utraty życia i zdrowia. Inspektorat Kolejowy Jej Królewskiej Mości (HMRI - Her Majesty Railway Inspectorate) o tradycji tak starej jak kolej, stoi na straży egzekucji prawa w tej dziedzinie i monitoruje odpowiednie statystyki. Forum przedsiębiorstw kolejowych ustala dopuszczalne poziomy bezpieczeństwa zarówno w odniesieniu do pasażerów jak i pracowników kolejowych. Każda grupa użytkowników ma specyficznie dla siebie ustalany wskaźnik bezpieczeństwa. Wiadomo, że ryzyko utraty życia przez pasażera podróżującego codziennie do pracy jest inne niż sporadycznego turysty. To samo odnosi się to maszynisty, obsługi pociągu i pracowników pracujących przy utrzymaniu, bądź naprawie urządzeń przytorowych.

Ambicją projektu było nie tylko osiągnąć spodziewaną średnią krajową wskaźników bezpieczeństwa, ale zbudować taką infrastrukturę kolejową, która pozwoli jeździć bezpieczniej przy jednoczesnym zapewnieniu dużej szybkości przejazdów. Na świecie, a w szczególności w Europie, buduje się aktualnie wiele linii kolejowych na duże szybkości. Zapewnienie bezpieczeństwa jest w każdym z tych projektów dużym wyzwaniem. Unia Europejska wydała w 1999 roku normę (EN 50126), która zaleca odpowiednie działania dla osiągnięcia wysokiego poziomu w dziedzinie ich niezawodności, gotowości, utrzymania oraz bezpieczeństwa systemów kolejowych. Projekt CTRL podjął te zalecenia znacznie wcześniej. Ryzyko wynikające z działań związanych z operacjami kolejowymi pokrywa bardzo szerokie spektrum scenariuszy. Jest ono w każdym przypadku iloczynem częstotliwości występowania ryzyka i jego konsekwencji. HSE (Health Safety Executive) - brytyjska agencja rządowa działająca w zakresie kontroli bezpieczeństwa instalacji przemysłowych - proponuje trzy zasadnicze zakresy dla ryzyka - patrz Rys.2 poniżej. Pierwszy to zakres, w którym ryzyko nie może być tolerowane bez względu na to jakie korzyści płyną z użytkowania systemu. Jakiekolwiek zagrożenie zidentifikowane w tym zakresie musi być ograniczone, albo system musi być wyłączony. Po przeciwnej stronie tego spektrum znaduje sie strefa, gdzie ryzyko związane z danym ryzykiem jest tak małe, że może zostać zaakceptowane, albo po prostu pominięte w ocenach. Trzeci zakres znajduje się pomiędzy tymi dwoma. Tutaj ryzyko powinno być zredukowane tak dalece jak to jest możliwe i praktycznie uzasdnione, głównie przez uwzględnienie aspektu ekonomicznego istnienia systemu. Zasada ta w Wielkiej Brytanii jest znana jako ALARP (As Low As Reasonable Practicable) i jest ona zasadnicza dla celów uregulowań prawnych w odniesieniu do bezpieczeństwa systemów technicznych. Pozwala ona na zbilansowanie kosztów związanych z realizacją akceptowalnego poziomu bezpieczeństwa i podjęcie decyzji odnośnie ich racjonalności.
Wspomniane wcześniej wskaźniki bezpieczeństwa systemu ustanawiane są zazwyczaj w górnym obszarze ALARP i muszą być osiągnięte. Spodziewane jest, że te tzw. Projektowane Wskaźniki Bezpieczeństwa - DSV (Design Safety Values) w procesie projektowania infrastruktury i rozwoju koncepcji operacyjnych dla nowej infrastruktury kolejowej, będą wypadały poniżej dopuszczalnych wartości. Niemożliwość osiągnięcia wymaganych wartości DSV w wyjątkowych przypadkach może być uzasadnione jedynie w oparciu o zastosowanie zasady ALARP.